nodejs ماژولی بنام fs دارد که با متد unlink می توانید یک فایل را حذف کنید. بصورت زیر می توانید از این متد استفاده کنید:

const fs = require('fs');

fs.unlink(directoryPath + fileName, (err) => {
    if (err) {
        throw err;
    }

    console.log("Delete File successfully.");
});